- 作 者：王廷华，王廷勇，张晓主编
- 出 版 社：北京：科学出版社
- 出版年份：2015
- ISBN：9787030438423
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第一章 生物信息数据库 1
第一节 核酸序列数据库 1
第二节 蛋白质序列数据库 9
第三节 基因组数据库 16
第四节 结构数据库 18
第五节 项数据库 23
第二章 网络构建 31
第一节 Cytoscape简介 31
第二节 Cytoscape的安装 32
第三节 创建网络 35
第四节 Cytoscape插件的应用 39
第五节 可视化工具GeneMANIA 49
第三章 幼年与老年快速老化小鼠海马中差异表达基因谱分析 52
第四章 成年与老年快速老化小鼠海马中差异表达基因谱分析 73
第五章 miRNA相关研究 90
第一节 miRNA简介及miRNA检测 90
第二节 miRNA靶基因预测 91
第三节 基于生物信息学的miRNA靶基因功能分析 95
第六章 大鼠脊髓蛋白组生物信息学分析 98
第七章 LncRNA数据生物信息学分析 111
第一节 LncRNA的定义及来源 111
第二节 LncRNA相关信息查找 112
第三节 大鼠LncRNA全序列查找 117
第八章 DNA甲基化检测 121
第一节 DNA甲基化概述 121
第二节 DNA甲基化的预测 125
第三节 MeDIP-PCR检测eif5a基因在脊髓损伤大鼠腓肠肌的DNA甲基化改变 127
第九章 如何从已知靶基因预测与其相互作用的miRNAs 133
第一节 用TargetScan预测调控BDNF mRNA的miRNAs 133
第二节 用miRanda预测调控BDNF mRNA的miRNAs 135
第三节 用miRDB预测调控BDNF mRNA的miRNAs 136
第四节 用miRwalk预测调控BDNF mRNA的miRNAs 138
第五节 根据需要建立各网站预测结果交集 139
第六节 预测中需要注意的问题 141
第十章 染色质免疫共沉淀技术 142
第一节 ChIP技术现状背景及实验原理 142
第二节 ChIP实验后续技术 146
第十一章 生物信息学预测蛋白质相互作用 159
第一节 常用的蛋白质相互作用及信号传导相关数据库 160
第二节 常用的蛋白质相互作用可视化工具 167
第三节 常用的蛋白质序列数据库 169
第四节 蛋白质功能、结构域和蛋白质家族有关的数据库 171
第十二章 利用生物信息学设计PCR引物及探针 175
第一节 聚合酶链反应和荧光定量聚合酶链反应的原理与方法 175
第二节 引物探针设计的生物信息学 178