- 作 者：崔斌，黄金艳主编
- 出 版 社：上海：上海交通大学出版社
- 出版年份：2016
- ISBN：7313158604
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第1章 R语言的安装和编辑器 1
1.1 R语言的下载和安装 1
1.2 R语言的编辑器简介 4
1.3 Rstudio软件的安装 5
1.4 RStudio软件的使用 7
第2章 R语言基础 10
2.1 R语言的对象 10
2.2 向量（vector） 11
2.3 因子（factor） 13
2.4 数据组 15
2.5 数据框的操作 17
2.6 常用函数 21
2.7 R语言的程序包（package） 24
第3章 数据的整理和导入 29
3.1 RStudio软件的工作路径 29
3.2 数据读取 30
3.3 数据整理 35
第4章 统计分析 41
4.1 随机分组 41
4.2 样本估计 42
4.3 描述性分析 43
4.4 标准化处理 48
4.5 正态分布检验和转换 50
4.6 数值变量的统计分析 53
4.7 分类变量的统计分析 66
4.8 相关性和线性回归分析 67
第5章 基因与基因型分析 72
5.1 基因结构和序列 72
5.2 FASTA格式的基本操作和引物设计 79
5.3 基因多态性 84
5.4 单核苷酸多态SNP的数据分析 88
第6章 RNA-seq分析流程 101
6.1 Bioconductor介绍 101
6.2 RNA—seq实验数据介绍 103
6.3 准备计数矩阵 104
6.4 构建DESeqDataSet 112
6.5 数据分析及可视化 115
6.6 差异表达分析 123
6.7 结果绘图 127
6.8 注释及结果导出 136
6.9 基因功能分析 140
第7章 其他分析 143
7.1 时间序列 143
7.2 基因序列物种进化树 146
7.3 R语言作图 156
7.4 生存分析 164